O Sistema de Controle Interno do Poder Executivo do Estado de Mato Grosso do Sul atua integrado pela Controladoria-Geral do Estado (CGE-MS), como Órgão Central, pelas unidades de apoio administrativo e operacional das Secretarias de Estado e da Procuradoria-Geral do Estado, como Unidades Setoriais de Controle Interno e pelas unidades de apoio administrativo e operacional das entidades integrantes da Administração Indireta, como Unidades Seccionais de Controle Interno.
O Sistema de Controle Interno do Poder Executivo do Mato Grosso do Sul é integrado, atualmente, por 32 unidades de controle interno, sendo 12 Unidades Setoriais e 20 Unidades Seccionais.
As Unidades Setoriais e Seccionais devem organizar-se de acordo com as seguintes funções: correição, ouvidoria e auditoria governamental e têm suas competências previstas no Decreto Nº 14.879, de 13 de novembro de 2017, que regulamenta o Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Estadual.
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